玛瑙的分类较广，购买时需要留心。天然玛瑙资源稀少，其价格非常昂贵；养殖玛瑙相对来说较普遍，每年海边都大批量产出，价格要比天然玛瑙低很多。
天然玛瑙的内核大多只是一些砂粒或是寄生虫等物，还有一些砂粒或寄生虫等，还有一些是没有核的。养殖玛瑙的内核是人工制作的较大的圆珠，因此外面的包裹层比较薄。
天然玛瑙因生长环境的原因，核内的异物很少滚动，其外形的圆度较差。养殖玛瑙的的内核是滚圆的，因此成珠后圆度非常好。因天然玛瑙的生长时间非常长，成珠后，珠层厚实表皮光滑，很少有“凸泡" ，并且透明度很好。
养殖玛瑙的成珠时间很短，因此珠层薄，质地较粗糙，光泽带“蜡" 状 ，并且表面有一些些凹凸的 “小泡" ，透明度也比较差。 那我们如何鉴别天然玛瑙和仿制玛瑙呢？
直观法
直观法就是以肉眼直接观察，这种鉴别方法是最简易的方法。若是串珠，每颗玛瑙的颜色、形状、大小、光泽都相同，基友可能是仿玛瑙。因为天然玛瑙是从不同的动物体内取出的，所以不可能完全相同。
感觉法
天然玛瑙有凉感，仿玛瑙则没有，我们可以通过手或舌头来感觉；用手或牙轻磨，感觉光滑者是仿玛瑙，有粗糙感的是天然玛瑙。
放大观察法
将天然玛瑙放在10倍放大镜下可以看到表面的生长纹理，仿玛瑙的表面非常光滑，玛瑙的钻孔处明显粗糙，或发现薄层剥落的现象，这是仿玛瑙，天然玛瑙很少会出现这种现象。
弹跳法
将天然玛瑙从60厘米的高处掉在玻璃板上，弹跳高度为20-25厘米，而仿玛瑙则在15厘米以下。这种鉴别方法很容易使玛瑙产生损伤，所以应谨慎使用。
盐酸反应法
将稀盐酸滴在天然玛瑙表面会立即起气泡，而仿玛瑙无反应。这种鉴别方法也对玛瑙表面有损害，所以要谨慎使用。
紫外线荧光法
在紫外线下天然玛瑙会产生淡黄或淡白的荧光， 这是由于玛瑙层中含有蛋白质的缘故，而仿玛瑙不产生荧光。
物理性质测试
天然玛瑙与仿玛瑙的物理性质（如折射率、密度等）存在很大差异，通过测试物理性质，比较容易将它们区分开来。
从市场上出现的养殖玛瑙的情况来看，海水养殖玛瑙大多为有核养珠， 淡水养殖玛瑙大多为无核养珠，也有少量淡水有核养殖玛瑙投入市场。 有核养殖玛瑙的珠核主要是由贝壳制成，因此，导致有核养殖玛瑙与天然玛瑙间内部结构和玛瑙层结构存在明显的差别。
在鉴别时我们可以通过结构的差别加以区分， 淡水无核养珠与 天然玛瑙间存在很大的差别。 天然玛瑙与养殖玛瑙的鉴别方法归纳如下：
肉眼以及放大观察
天然玛瑙质地细膩，结构均匀，玛瑙层厚，光泽强，大多为凝重的半透明状，外形大多是不规则状，直径比较小；养殖玛瑙大多为圆形、椭圆、水滴形等，直径比较大，玛瑙层较薄，珠光没有天然玛瑙强，表面常有凹坑，质地松散。
强光照射法
天然玛瑙在强光下是看不到珠核与核层的，也没有条纹效应；有核养珠可以看到珠核、核条带，大多数呈现条纹效应。
x射线照相法
天然玛瑙劳埃图呈假六方对称图案斑点；有核养珠呈现假四方对称图案的斑占仅一个方向出现假六方对称斑点。
紫外线摄影法
天然玛瑙阴影颜色比较均匀；有核养珠在核层与光线垂直的情况下，会产生深色阴影，只有周边的颜色比较浅。
荧光法
在x射线下大多数天然玛瑙不发荧光养殖玛瑙在x射线下多数发荧光和磷光（蓝紫色、浅绿色等）。
磁场法
将圆形玛瑙放在磁场内，如果是养珠，珠核受到磁化后，总要转到平行层走向与磁力线平行的方向，而天然玛瑙无核，因此不会出现这种现象。
重液法
一般的养殖玛瑙有珠核，相对密度较大，天然玛瑙则比较轻。因此，在相对密度为2.71的重液中天然玛瑙大都上浮，而大多数的养殖玛瑙则会下沉。这种方法可能会损伤玛瑙层，应避免使用。
淡水玛瑙和海水玛瑙的鉴别比较困难。我们都知道海水玛瑙的品质要比淡水玛瑙的品质好，光泽更强，外形更圆正，颗粒更大。海水养殖玛瑙都是有核玛瑙，其珠核圆正，外形也就圆正。另外海水的育硃贝个体大，它可以承受比较大的珠核，培养的玛瑙也更大，珍层厚，光泽强。
现在淡水养殖玛瑙都用无核法培育，其外形多为椭圆形、不规则形，正圆形较少，表面常有螺纹状饰纹。 若是想对淡水玛瑙和海水玛瑙作更加确切的鉴定，现在还没有准确无误的方法。 有人提出用玛瑙中所含微量元素进行签别，这个方法值得考虑。诊珠生长的环境不同，海水和淡水中所含的微量元素也是不同的，所以这种方法有待研究。
处理玛瑙主要包括对玛瑙进行改善和改色两部分。玛瑙的改善方法主要有：漂白、增色、增光、抛光等，玛瑙的改色方法有染色、辐照等，人们经常把玛瑙染成黑色，或是以各种射线将玛瑙辐照成黑色来仿制黑玛瑙。另外市场上也有人为改制的红色、绿色、蓝色、金色等玛瑙。
肉眼观察法
如果一串玛瑙，每颗玛瑙的颜色都一样，一般是染色的。因为玛瑙的天然色在外观上比较柔和，有伴色，所以每颗玛瑙的颜色虽然一样，但是也有一定区别。天然的黑玛瑙并不是纯黑色，而是带有蓝或紫色的伴色。
放大镜观察法
染色玛瑙在钻孔中可以看到堆积的染色剂，有时可见绳子也被染色。
紫外线照射法
养殖黑玛瑙的玛瑙层一般不发荧光，在紫外线的照射下，小凹陷中可以看到淡黄色或白色的荧光，而在长波紫外线下我们可以看到粉红色或红色的荧光。染色黑玛瑙则在任何情况下都不会发出荧光。
粉末法
染色黑玛瑙的粉末是黑色，天然黑玛瑙的粉末是白色。
